Angew. Chem. :基于单分子定位和随机取样的配体稀释技术用于细胞膜受体分析

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核酸适配体为研究细胞膜受体分子提供了强有力的分子工具。然而,在核酸适配体的筛选过程中,核酸适配体与受体分子在单分子层面的结合并不能被直接观测到。此外,大多数核酸适配体的靶分子在细胞膜表面是高表达的,这些受体分子的分布密度高,运动速度快,极难实现原位分析。



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为了进一步发掘核酸适配体在膜受体分析领域的应用潜力,同时也为了阐明核酸适配体和受体分子之间的具体结合模式,湖南大学的谭蔚泓院士/吕一帆副教授团队提出了一种基于荧光成像中单分子定位和数学中随机取样的分析策略,名为配体稀释分析技术。

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与经典成像技术中采用过量荧光探针与尽可能多的受体分子相结合这一策略所不同的是,配体稀释分析技术同时使用荧光探针与非荧光探针两种探针对样品进行标记。这两种探针的识别区域在结构上是相同的,因此荧光探针可以以一个类似随机取样的过程被非荧光探针均匀稀释。当稀释倍数足够大时,相邻两个荧光探针之间的距离可以被单分子定位技术有效区分。

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研究者们首先通过理论推导和模型验证,证明了配体稀释是一个在分子层面随机取样的过程。利用配体稀释技术,研究者们构建了可以计算细胞表面受体密度的回归模型。通过协同配体稀释策略,研究者们进一步在单分子层面上实现了核酸适配体和单克隆抗体在同一个膜受体分子上的共定位。这些信息结合分子对接和分子动力学模拟有助于找出核酸适配体与膜受体分子的精确结合位点以及具体结合模式(核酸适配体sgc8c在膜蛋白PTK7表面的结合位点被预测位于Ig3和Ig4之间的凹陷处)。利用配体稀释技术,还可以实现基于核酸适配体的受体分子动态分析,从而生成时间相关的受体分布图谱,以及实现高表达受体分子在活细胞膜表面的二维以及三维运动和涨落分析。

文信息

Ligand Dilution Analysis Facilitates Aptamer Binding Characterization at the Single-Molecule Level

Yulin Du, Prof. Dr. Yifan Lyu, Shiquan Li, Dr. Ding Ding, Jianghuai Chen, Cai Yang, Dr. Yang Sun, Prof. Dr. Fengli Qu, Prof. Dr. Zeyu Xiao, Prof. Dr. Jianhui Jiang, Prof. Dr. Weihong Tan


Angewandte Chemie International Edition

DOI: 10.1002/anie.202215387




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