利用NMR和DFT方法研究从大叶藻中分离的四环二芳基庚烷类化合物的结构和构象

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利用NMRDFT方法研究从大叶藻中分离的四环二芳基庚烷类化合物的结构和构象



138.4,0 c3.5,0,6.7,0.3,8.3,4.1c1.7,4-0.7,6.6-3.5,8.9C124.7,173.1,75.4,173.1,26,173.1z" fill="rgb(33,147,255)">11.7,24.9c2.7,5.7,4.7,11.9,8.3,17.1c8.1,11.6,0.1,30.7-11.9,38.1 c-20,12.3-45.8,0.6-49.6-22.6c-0.8-5.2,0.3-10.2,2.5-15C9.6,49.3,16.5,35,23.3,20.8c0.6-1.3,1.4-2.7,1.7-4.1 c1.4-6.9,2.1-7.5,9.2-7.5c15.5,0,31,0,46.5,0c2.7,0,4.4-0.7,6.2-2.9c6.7-8.4,18.8-8.2,25.5,0.2c1.7,2.1,3.4,2.7,5.9,2.7 c15.3-0.1,30.7,0.1,46-0.1c5.6-0.1,8.4,1.5,10.6,7.2c4.3,11.2,10,21.8,15.1,32.6c2.2,4.7,4.4,9.3,6.6,14 c6.5,14.3,1.6,29.5-12.1,37.6c-19.9,11.7-44.8,0.3-49-22.5c-0.9-4.9,0.2-9.6,2.3-14c6.1-12.8,12.2-25.5,18.3-38.3 c0.6-1.3,1.7-2.5,1.3-4.5c-13.1,0-26.2,0-39.3,0c-1.8,0-2.6,0.6-3.3,2.2c-1.2,2.8-3,5.2-5.7,6.8c-1.8,1-1.9,2.5-1.9,4.2 c0,34.7,0.1,69.3-0.1,104c0,3.2,1.2,3.9,4.1,3.8c12.2-0.1,24.3-0.1,36.5,0c5.5,0,8.3,2.2,8.5,6.3c0.1,4.3-2.9,6.7-8.6,6.7 c-31.7,0-63.3,0-95,0c-5.4,0-8.3-2.3-8.4-6.4c0-4.1,2.9-6.6,8.2-6.6c12.3,0,24.7-0.1,37,0.1c3.6,0.1,4.9-0.6,4.9-4.6 C93.9,103.8,94,69.9,94,36.1c0-0.5,0-1,0-1.5c0-1.2-0.1-2.6-1.4-2.9C86.1,30.6,86.9,20.8,79,21C66.9,21.4,54.8,21.1,41.9,21.1z M48.6,67.1C47.4,62.3,34.9,35.9,32,32.3C26.9,43,21.8,53.7,16.6,64.2c-1.1,2.4-0.1,2.9,2.1,2.9C28.6,67.1,38.6,67.1,48.6,67.1z M167.5,31.4C162,42.8,157,53.2,151.9,63.6c-1,2.1-0.2,2.5,1.8,2.5c8.8,0,17.6-0.1,26.4,0c3,0,3.4-0.9,2.2-3.5 C177.5,52.6,172.8,42.6,167.5,31.4z M149.4,79.2c3.5,9.3,11.1,13.8,20.7,12.9c7.2-0.7,13.9-6.3,15.1-12.9 C173.4,79.2,161.6,79.2,149.4,79.2z M50.4,80.1c-10.6,0-21,0-31.4,0c-1.4,0-3-0.4-4.3,0.4c2.5,7.9,9.4,12.7,18.1,12.7 C41.1,93.1,48.1,88.1,50.4,80.1z" fill="rgb(33,147,255)">

前言


NMR谱是非常重要的研究平衡状态下的化学交换动力学的物理手段。当交换速率(Hz)低于参与交换的核的化学位移差时,二维(2D)交换谱(EXSY)就可以反映出交换的途径或者说交换的网络,并且也给出交换的动力学过程的定量信息,包括配位化学、金属有机化合物的构象转换以及在生物分子系统内的质子的交换。EXSY实验在研究化合物构象行为有独到优势:能够测定化合物两种构象的交换速率;区分同一组成中的两种构象;区分对映异构体;观测交换过程中的中间体。值得一提的是,EXSY用得是NOESY的脉冲序列,只是改变交换混合时间d8,做一系列二维实验。


文章亮点


文章作者从海草中分离出两个四环二芳基庚烷类化合物zosteraphenol A (1)zosteraphenol B (2),二者仅有一个取代基的区别。这类化合物最大的特点在于同时存在两个手性因素:一个手性碳(C-9)、手性轴(联苯结构),这就决定了其核磁特点。本文以zosteraphenol A (1)为例进行学习。

首先,通过HRESIMS确定zosteraphenol A (1)的分子式为C20H28O3。然后在常温下(25℃)测试其氢谱(1H-NMR)和碳谱(13C-NMR),发现了异常现象:氢谱中出现大量的单峰信号;碳谱中碳信号比分子式给出的碳数要少。二者矛头都指向了同一个方向:常温下的核磁信号出现了堆积(coalescent signals)。随后作者降低核磁测试温度(-15℃),氢信号变得尖锐锋利,碳信号个数也与分子式给出的一致。于是,接下来的2D-NMR也在该温度下进行测试。


COSY谱得出分子中存在一个C7脂肪链;J10/11=11.2Hz得知10位双键为顺式;J7/8=5.4Hz得知存在一个五环内的顺式双键;1H-NMR中存在两个苯环信号(一个1,2,4-三取代;一个五取代)、一个甲氧基信号。通过HMBC,确定两个苯环通过2/2'连接,最终解析出zosteraphenol A (1)的平面结构:


接下来,作者试着探讨常温下为什么会发生核磁信号的堆积。作者推测化合物不是单一的光学纯化合物,而是存在异构体,并且异构体产生的原因是联苯结构所具有的轴手性。那么问题来了,分子中除了轴手性外还存在另一个手性因素:C-9手性碳,所以这两个异构体应该是差向异构体,但是在-15℃下的谱图中只有一组明显的核磁信号。

NOESY/EXSY谱很好地解释了这个问题。在正相下,对角峰和交换峰均为正相而NOE峰为负相。如下如所示:黑色信号现实的是主要异构体(major rotamer)和次要异构体(minor rotamer)之间产生的交换相关信号。据此可以得出两种信息:次要异构体含量仅约1/6;归属出次要异构体氢化学位移。


-15℃下次要异构体仍是宽峰,这是因为次要异构体的寿命相当短,所以其同核/异核偶合信息均不得而知,仅能得到氢化学位移。次要异构体和主要异构体相比,存在明显的屏蔽和去屏蔽现象,这与苯环的磁各向异性有关。


为了定量的研究这种影响,作者进行了分子模型和DFT计算核磁实验。首先,围绕联苯的两个异构体(1a/1b)在逐渐升温的状态下进行分子动态模拟(MD)。1500K以前,两种异构体表现明显的刚性构型,在模拟过程中没有出现构型的翻转。这被认为是一种足够慢的平衡,但足以导致核磁信号的聚积。最后,在2000K的模拟中,多次观测到轴向手性反转。

MD模拟出的1a/1b分子在Gaussian 16软件中经优化后进行计算氢谱和计算碳谱。通过RMSD的计算,1a的氢谱和碳谱计算结果与实测值误差在可承受范围以内。更有趣的是,1b计算氢谱与通过EXSY确定的化学位移高度吻合(RSMD=0.1),并且所有屏蔽和去屏蔽常数精确度控制在0.08以内。因此,DFT计算结果完全支持构象平衡假设。


未完待续

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